Xã Phước Hậu mới được thành lập theo Nghị quyết số 1667/NQ-UBTVQH15, ngày 16/6/2025 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã của tỉnh Khánh Hoà năm 2025, trên cơ sở sắp xếp toàn bộ diện tích tự nhiên, quy mô dân số của xã Phước Hậu (cũ), xã Phước Sơn (cũ) và xã Phước Vinh (cũ).
Sau sắp xếp, xã Phước Hậu có 18 thôn gồm các thôn: Phước Đồng 1, Phước Đồng 2, Trường Thọ, Hiếu Lễ, Trường Sanh, Chất Thường, Hoài Nhơn, Phước An 1, Phước An 2, Liên Sơn 1, Liên Sơn 2, Bảo Vinh, Phước Thiện 1, Phước Thiện 2, Phước Thiện 3, Ninh Quý 1, Ninh Quý 2, Ninh Quý 3.Với tổng diện tích tự nhiên đạt 74,70 km2 cùng dân số 49.465 người (2025) tạo nên bước chuyển mình quan trọng trong cải cách hành chính và phát triển bền vững.